ちよみ（高橋）は迎えにきた南くん（武田）のポケットに入り、南くんの家に戻る。ところが、同級生のリサコ（千葉）や竹原（岡田）、ちよみの父・信太郎（草刈）が南くんの家へ。

リサコに呼び出され、南くんは出かけてしまう。不安になったちよみはリサコの部屋にTEL。このままでは南くんを取られてしまう。もとの姿に戻りたい、という思いが強まっていく。一方、南くんはリサコの部屋からの帰り道に会った竹原に「ちよみが好きだ」と告白する。そんなある日、南くんあてにシカゴ大学に留学中の東山真理絵（西田）からエアメイルが。

ちよみ（高橋）を探していた竹原（岡田）が交通事故に遭う。竹原をはねたトラック運転手・佐久間は、実はちよみをはねた犯人。でも誰もそんな因縁に気づいていない。入院中の竹原を見舞った帰り道、南くん（武田）はちよみが卒業式に着られるような小さい制服を作ると告白。ちよみは大感激するが、内心困惑する。

リサコの挑発に耐えかねたちよみは、身長15cmの小さな姿のまま、リサコの前に現れてしまう。誰かにこのことを話されたら、もう南くんとは暮らせないとちよみは落ち込む。一方、竹原は、超常現象で小さくなったちよみを隠しているのではないかと南くんを問い詰める。

家出したまま連絡のなかったリサコ（千葉）からちよみ（高橋）に電話が入る。リサコは自殺しないと約束。電話のやりとりを聞き、ちよみの姿を見た南くんの父（高田）はショックで区役所を欠勤してしまう。一方、ちよみと南くん（武田）は2日後に迫った卒業式に頭を悩ませていた。

大騒ぎになった卒業式を抜け出し、ちよみと南くんは2人だけの卒業旅行へ。行き先は長崎。宿泊先は、ちよみが修学旅行の時「いつか泊まってみたいな」と口にしたハウステンボス内の素敵なホテル。夢がどんどん現実になる幸せを満喫するちよみ。が、軽いめまいを感じる。その後、温泉旅館へ。修学旅行の時、旅館の女将にいつか2人で来るよう励まされた思い出の宿だ。

ちよみとの別れから1年が経ち、南くんは大学へ進学した。新しい出会いを得て、悲しみを乗り越えようとしていた。一方、天に召されたちよみは、再婚した父の赤ちゃんとして、再びこの世に生まれてくることが決まる。残された時はたった5日。記憶が消えてしまう前に、もう一度、南くんのそばで過ごしたいと戻ってくるのだが…。

高校生カップルのちよみ（深田恭子）と南（二宮和也）は、偶然訪れた中華料理店で未来が見えるという“フォーチュンクッキー”を食べ、不思議な予言を受ける。そんな中、駅伝部に所属する南は、高校最後の大会で選手に抜擢されるが、走っている途中に急激な腹痛に見舞われ…。

小さくなったちよみは、「こんな姿を祖父・千次（北村総一朗）には見せられない」と言って家に戻らず、南の部屋で秘密の同棲を開始。南は、あれこれとちよみの世話を焼き、学校へも連れていくが、周囲からは挙動不審の目で見られる。迷惑を掛けていると感じたちよみは、南の元を飛び出すが…。

成績がふるわない南（二宮和也）は、追試をクリア出来ないと留年確定と宣告される。早速、勉強を始めようとする南だったが、同級生の麗花（宮地真緒）の強引な誘いに押され、個人授業を受けることに。ちよみ（深田恭子）は、真剣に勉強する南の邪魔をしないよう陰から応援しようとするが…。

南は夏恒例の家族旅行や駅伝部の合宿、友人とのキャンプなどを全て断って、ちよみと家に残り2人だけで過ごすことに。新婚のような気分に浸る2人だったが、それも束の間。「南がちよみをかくまっているのでは？」と疑う、麗花や担任の日下部（田辺誠一）が次々にやって来て…。

体調を崩している千次（北村総一朗）を安心させようと、電話で思わず「明日の夏祭りには帰る」と言ってしまったちよみ（深田恭子）は、南（二宮和也）と相談してビデオメッセージを送ることに。翌日、ふたりはテープを届ける前に祭り見物に出掛けるが…。

ちよみは、千次のためにも早く元の姿に戻らなくてはという思いを強くする。いっぽう、南は麗花（宮地真緒）から妊娠の相談を受けるが、結局それは思い過ごしと分かる。そんな中、改めて自分が南の負担になっていると感じたちよみは自立を決意し、最後の思い出に南を海へのデートに誘う。

南（二宮和也）は、置き手紙を残して出て行ってしまったちよみ（深田恭子）を心配し、明け方川に入って捜しているところを警察に保護される。その後、大原（石井智也）の言葉から行き先に思い当たった南は、中華料理店の老人（桜井センリ）を訪ねるが、自立を目指すちよみは南に会うことを拒み…。

大原は南の走る様子を撮影している時、偶然ちよみの姿を捉えて愕然とする。いっぽう、南はちよみの存在を探りながら接近してくる麗花（宮地真緒）に対して、「もうオレにつきまとわないでくれ」と宣言。ショックを受けた麗花は、茫然自失の状態で交通事故に遭い、入院してしまう。

ちよみ（深田恭子）は、麗花（宮地真緒）の挑発に耐えかねてついに姿を見せるが、これまでのいきさつを厳しい言葉で責められる。以来、南（二宮和也）は麗花が日下部（田辺誠一）たちに本当のことを話すのではと心配するが…。

千次（北村総一朗）の差し迫った病状を知ったちよみと南は、ありのままの姿で会うことを決意。その後、千次は心筋梗塞の発作を起こして昏睡状態に陥いるが、幸いにも意識を取り戻し、数ヶ月ぶりにちよみと対面する。

満月の夜、愛し合う2人が心をひとつにして願うと望みがかなうという“月下の泉”に向かったちよみと南。到着した2人が、これまでの出来事に思いを巡らせる中、南の携帯に千次の容態が急変したという知らせが入り…。

頭取・芹沢鴨（三浦涼介）を粛清した壬生浪士組は局長・近藤勇（高野洸）、副長・土方歳三（阪本奨悟）が束ねることとなり、同時に会津藩主・松平容保（味方良介）から“新選組”という新たな隊名を拝命する。しかし、芹沢の最期に大きなショックを受けた深草丘十郎（奥智哉）は、剣を握ると手が震えて力が入らなくなってしまう。

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