20世紀最高の小説家、フランツ・カフカはなぜか2019年の東京でアパート暮らしをしていた。小説では食えないからパン（生活）の為にパン屋でアルバイトをする日々。

年末の契約更改で球団幹部と揉めたつば九郎はマスコットをクビになってしまう。途方に暮れるつば九郎だったが、球場の平和を守る鳥小屋署の面々が救いの手を差し伸べる。季節は変わり新シーズン。

球団の看板選手・山田哲人が鳥小屋署を訪れる。なくなった愛用のグローブを探してほしいとの依頼に気合が入る署員たち。各自で聞き込みや捜査に向かうが、つば九郎はすぐに飽きてサボってしまう。

ある日の試合中、署長にパトロールを命じられた署員たちが観客席に出てみるとなにやら様子がおかしい。ビールを飲んでいるスワローズファンがなぜか敵チームの応援を始めているのだ。

署長から球団マスコットのトルクーヤを探し出すように命じられた署員たち。つば九郎によって発見はされたが、喋れなく筆談もできないので失踪の原因が分からない。

つば九郎に恋のシーズン到来。お相手はどうやら球団公式ダンスチームのメンバー。盛り上がる署員たちが立てた告白大作戦はカラオケデートに誘うというもの。

パトロール中の川崎と秦が会議室で謎の暗号と不穏なメモを見つける。事件の匂いを嗅ぎ取った二人は、情報屋・池山から球場内の売店に謎を解く鍵があることを教えられ、つば九郎と共に球場グルメを調査することに。

チームが遠征中で暇すぎる球場。二軍の戸田寮に霊が出るという話で盛り上がり、急遽球場内で肝試し大会が始まる。しかし実際に現れた怪しいおっさんの人影に怯える一同。

パトロール中につば九郎がクラブハウス前の荒木トンネルに行って見ると、見たら死ぬという噂の自分のドッペルゲンガーに遭遇してしまう。混乱するつば九郎と署員たちの前になぜか現れる情報屋の池山。慌てて隠す何かのノート。果たして荒木トンネルに隠された謎とは？

ある日の試合前、始球式を務める人気シンガーソングライター館山雅美がトイレに閉じこもって出てこない。本人の自信を取り戻させるためにみんなで始球式の練習をすることに。しかし事件の裏にはあの怪しい組織の影も・・・

スワローズが大差で勝ちそうな試合終盤、なぜか電光掲示板の点数表示が逆になり、敵チームに逆転され観客もそれを信じてしまう。それだけでなく、選手が勝手に交代させられたり、ウグイス嬢のアナウンスもめちゃくちゃに。

球団乗っ取りを狙う「東京ブラックカラス」からつば九郎を誘拐したとの電話が。交換条件は伝説のノート。救出に向かう署員たちだったがつば九郎が人質にとられており、手も足も出ない。

ドラマ編で東京ブラックカラスの魔の手から無事に球団を守ったつば九郎。戦友のドアラと仲良く歩いていたが些細なことがきっかけで争いに発展してしまい、どちらが優秀な刑事か、五番勝負で対決することに…二大人気マスコットの負けられない戦いがいま始まる！！

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解剖鑑定書を届けに来るはずの解剖医・風丘早月がなかなか現れず、到着を待っていた榊マリコら科捜研メンバーたち…。

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